Spero di averlo scritto anche nell'altro post. Anche il mio CC3d non riusciva a salvare. Ho eseguito la procedura suggerita da albertferraz:
1 - Scarica Firmware Cleanflight V 1.10.
2 - Installa i driver indicati per la tua scheda
3 - Connetti a Cleanflight
4 - Alla riga di comando del tipo CF "flash_erase"
5 - Ritorna a LibrePilot e fai il normale processo di installazione del firmware
Per essere precisi, ho usato la versione 1.10 del configuratore di Cleanflight che una volta connesso mostrava le icone Gyro e Accel in rosso.
Ora Il cc3d ha salvato la configurazione e sembra che vada tutto bene.